Causa: Falta un archivo .jar en el Build Path.

Solución: Revisa la tabla de la Sección 2. Te faltan las librerías JAXB o Transaction.

Causa: Eclipse no ve la librería JPA o está mal colocada.

Solución: Ve al Build Path y asegúrate de que los JARs están en Classpath, no en Modulepath.

Causa: Contraseña incorrecta en el XML.

Solución: Edita hibernate.cfg.xml y pon la contraseña real de tu MySQL.